遠古之神"大蛇"企圖滅世，因而產生了兩位救世巫女。兩位巫女經曆不停地輪回轉世，相遇後以兩人之力封印住大蛇。而原本隻是普通高中生、卻為"日之巫女“轉世的來棲川姬子以及"月之巫女"的轉世姬宮千歌音，為了再次封印大蛇，不得不想辦法召喚傳說中的劍神"天之叢雲"。大蛇的八個仆人們(人性的八個黑暗麵)為阻止兩人召喚天之叢雲，而屢次對她們發動襲擊；這時，原本應該是"大蛇"之一、排名順序七的大神相馬因為暗戀姬子已久，而背叛了大蛇的意誌，屢次地拯救她們，但卻又引發了另一場風波。不停輪回的兩人，無法分離的命運，這是身為“神無月之巫女”的命運。